Nur keine Panik
WENN das eigentliche Balkenlager funktioniert, tut auch ein wenig Berührung mit Zementputz nix zur Sache.
Zement greift Holz nicht an. Zement und Kalk-Zement-Mischungen (Mauermörtel, Putz oder was auch immer) führen dem Holz aber gut durch Kapilarwirkung Feuchtigkeit zu (falls mal in der Nähe oder vor Ort etwas kondensiert oder gar Feuchtigkeit auf-/weitersteigt) und mittelschlecht Feuchtigkeit aus dem Holz ab (falls der Balkenkopf von wo auch immer etwas Feuchtigkeit aufnimmt. Vor allem können diese Schichten nur mittelmäßig "puffern", also kurzzeitige Kondensation einfach ins Innere aufnehmen und später gleich wieder an die Raumluft abgeben (Lehm und Kalkputz können das prima). Deshalb will man zementöse Massen am Balken nicht wirklich. Es gab aber auch mal eine Vergleichsuntersuchung (ich meine: Rosenheim?), die haben Balkenauflager über Jahre untersucht. Ergebnis: eigentlich kann auch der direkte Kontakt mit Mörtel (als direktes Auflager) funktionieren - es kommt halt auf Raumklima/Nutzung und noch mehr auf die Feuchtezufuhr durch die Außenwand an.
Zur Vorsorge will man das Auflager so gestalten, dass wenig Feuchtigkeit zum Balkenkopf hinkommt und (falls doch) diese gut wieder abgeführt werden kann. Hat man hierzu Maßnahmen ergriffen, kommt es auf "den letzten Zentimeter" Putz um den Austritt des Balkens aus der Wandoberfläche dann nicht mehr wirklich an.
Haben Deine Helferlein also rings um den Balkenkopf Zement(putz)mörtel geschmiert, muss der raus. Hast Du den Balkenkopf allerdings schon mit etwas Freiraum nach oben, hinten, seitlich versehen und idealerweise hinter die Stirnseite sogar noch etwas Dämmung gebracht (mit Abstand zur Stirnseite), dazu den Freiraum mit kapilaraktiver Dämmung ausgestopft (Kokos wurde hier mal angeraten, Hanf dürfte ähnlich wirken) und Risse im Balken durch Eindrücken von Spänen verschlossen... wäre ein "sanfter" Anschluss durch Lehm- oder Kalkputz nur noch das i-Tüpfelchen.
Brauchst Du soviel Sicherheit? Entscheide selbst. Ggf. bringst Du mit einer Flex oder händisch per Meißel dem Zementgedöns bei, wo es brechen soll und spitzt dem Balken ein paar Zentimeter Freiraum.
Übrigens: Zementmörtel sind oft zu hart und können bei Balkenausdehnungen (Feuchtigkeits- und Temperaturänderungen, z. B. durch Jahreszeiten) dann häßlich reißen. Dagegen hat man früher den sog. Kellenschnitt gemacht (mit der Maurerkelle den Putz entlang des Balkens einritzen, damit es dann exakt dort reißt).
Frohes Schaffen!